Polymérisation Mécanisme en SDS Gel

SDS- PAGE est une procédure scientifiques utilisent pour séparer les protéines en fonction de la façon dont ils migrent à travers un gel . Les gels sont constitués d'un polymère appelé polyacrylamide. Lorsque vous effectuez un gel de polyacrylamide , vous commencez avec un mélange de produits chimiques : l'acrylamide , bisacrylamide , SDS et un produit chimique tampon pour stabiliser le pH . Ajout d'un persulfate et un autre produit chimique appelé TEMED fera l' acrylamide pour former de longues chaînes ou polymériser . Initiation

L'ion persulfate en persulfate d'ammonium est l'équivalent de deux ions sulfate liés par une liaison faible oxygène-oxygène . Ce lien peut cliver ou casser en deux , ce qui donne des radicaux sulfate --- molécules hautement réactives avec un électron non apparié . Peut le radical sulfate réagir avec l'eau pour produire un radical hydroxyle , ou il peut réagir avec le monomère d'acrylamide pour démarrer la réaction de polymérisation . TEMED agit comme un catalyseur qui accélère la vitesse à laquelle le persulfate ions forment des radicaux .
Chain Reaction

fois un hydroxyle ou sulfate radical a formé , il attaque un monomère d'acrylamide , en prenant l'une des électrons dans la double liaison. Le monomère d'acrylamide est maintenant un radical avec un électron non apparié , de sorte qu'il continue à attaquer un autre monomère d'acrylamide de façon similaire . Cette série d'événements crée une chaîne de fast- croissant de monomères d'acrylamide liés par des liaisons simples . La réaction en chaîne ne se termine que lorsque deux radicaux réagissent avec l'autre .

Réticulation

Si acrylamide étaient présents sur son propre , il ne ferait pas le gel épais vous avez besoin pour le SDS- PAGE . Les polymères doivent être réticulé pour former un gel avec les bonnes propriétés , et c'est là qu'intervient bisacrylamide Les doubles liaisons dans bisacrylamide servent aussi comme une cible pour les radicaux dans la réaction , et parce qu'il a deux sites où il peut être attaqué par les radicaux , il est finalement incorporé dans deux des polymères en croissance. Par conséquent , les polymères se retrouvent avec les relier entre eux les sites aléatoires le long de la longueur de chaque chaîne .

Considérations

La réaction de polymérisation est très rapide , donc une fois que vous ' ve ajouté le TEMED et le persulfate , il aura lieu très rapidement . La pureté de vos réactifs est important car les contaminants peuvent affecter vos résultats . L'acide acrylique , par exemple, peut être ajouté au polymère et crée des sites d'échange d'ions qui pourraient provoquer des variations locales de pH dans le gel . Le gel obtenu peut encore contenir des monomères d'acrylamide , et de l'acrylamide est une neurotoxine , il faut donc toujours prendre les précautions nécessaires lorsque vous travaillez avec des gels de SDS .