Comment calculer la couverture de séquence

études d'enrichissement nécessitent le calcul des données de séquençage pour déterminer le niveau de couverture . Cela se fait principalement avec des laboratoires de séquençage des gènes qui nécessitent la préparation des échantillons d'ADN intégrée et pré-enrichissement mise en commun . Calcul de la couverture de séquençage nécessite l'utilisation de variables qui comprennent le séquençage de couverture moyen , le total des bases cible et l'efficacité de l'enrichissement . L'exécution de ce calcul est effectué en introduisant l'ensemble de ces variables dans une équation. Instructions
Le 1

Écrire l' équation utilisée pour calculer la couverture de séquençage moyenne . Cela ressemble à la couverture souhaitée divisée par la couverture moyenne normalisée . Si la couverture souhaitée est 10x et la couverture moyenne normalisée est de 0,2 , alors la couverture de séquençage moyenne est de 50
2

Écrire l' équation utilisée pour calculer le montant de séquençage . Cette ressemblera ( bases totales ciblées ) (moyenne de couverture de séquençage ) /( efficacité de l'enrichissement ) = quantité de séquençage .
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Branchez 62 Mo pour " bases totales ciblées » et 0,65 pour les «l'efficacité enrichissement . " Ajouter le montant de la couverture de séquençage de 50x et l'équation ressemblera (62) (50) /0.65 . Le résultat de l'équation sera de 4,8 Go de données de séquençage .